公司代扣代缴员工工资所得税的过程通常遵循以下步骤：
应纳税所得额 = 工资薪金所得 - “五险一金” - 个税起征点（目前为5000元）
应交个人所得税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数
公司财务人员根据员工工资计算出应缴纳的税款。
如果工资是税前工资，公司会先从工资中扣除税款，然后发放税后工资给员工。
如果工资是税后工资，公司需事先与员工商定，并确保税后工资符合法律规定。
公司根据计算出的税款，在地税局进行申报。
公司可能需要在月初进行个人所得税的综合申报。
完成申报后，公司根据税务局的缴款通知，通过银行或其他方式缴纳相应的税款。
公司需保留相关的扣税记录，以备税务检查。
可能还需要进行个人所得税的明细申报，并检查明细申报是否成功。
如果员工有补发工资，根据《个人所得税法》，补发的工资应与当月工资合并计算扣缴个人所得税。
请注意，税务法规可能会有更新，具体操作应遵循最新的税法规定和地方税务局的具体指导。