工厂通过中介公司发放工资给员工的原因可能包括以下几点：

劳务派遣关系：

员工可能与中介公司签订了劳动合同，而不是直接与工厂签订。在这种情况下，中介公司作为员工的正式雇主，负责员工的薪资和福利管理。

用人风险转嫁：

企业通过劳务派遣的方式，可以将一部分用人风险转嫁给中介公司，例如员工流动性、合同管理等问题。

中介提成：

中介公司在这个过程中会从员工的工资中抽取一定比例的提成作为服务费。

合规性考虑：

企业可能出于合规性考虑，选择通过中介公司来发放工资，以便更好地遵守当地的劳动法规和政策。

劳务对接：

有些情况下，员工是通过劳务中介找到工作，并由劳务中介直接发放工资。

需要注意的是，虽然员工在工厂工作，但如果其劳动关系是与中介公司签订的，那么工资由中介公司发放是合理的。这种安排有助于企业更有效地管理人力资源和降低运营成本。然而，选择中介公司时，企业应谨慎评估其信誉和收费情况，以确保合规性和员工权益的保护。