法院卷宗被偷的原因可能包括：

个人不满

王某某和王林清因工作中对单位产生不满，可能出于报复心理而窃取相关案卷材料。

工作便利

王林清作为最高法院民一庭助理审判员，可能利用工作之便，窃取了“凯奇莱案”的二审卷宗材料。

影响案件公正性

卷宗的丢失可能会影响到案件的终审判决及后续执行问题，从公正角度出发，案件可能需要依法启动再审。

其他原因

王林清可能出于其他个人目的，如阻扰他人办案，而窃取了卷宗材料。

法律后果

根据相关法规，无论丢失的是案件主卷还是副卷，都应当依法追究法律责任。相关责任人员可能面临行政处分或涉嫌渎职犯罪。