营运公司处理非法营运行为应遵循以下步骤和原则：
非法营运行为一旦被发现，将由县级以上道路运输管理机构责令停止经营。
对于有违法所得的非法营运行为，将依法没收违法所得。没收违法所得的金额通常为违法所得的2倍以上10倍以下。
没有违法所得或违法所得不足2万元的，将面临3万元以上10万元以下的罚款。
情节特别严重的，将面临五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
非法营运行为如果构成犯罪，将依法追究刑事责任。具体罪名可能包括非法经营罪等，根据《刑法》第二百二十五条的规定，情节严重的，可处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，可处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
若公司破产，营运车辆作为公司资产之一，将进入破产清算程序。清算组将对车辆进行评估，并通过拍卖或变卖等方式进行处置。购买方需具备相应资质和条件，以确保车辆合法上路运营。
在处理非法营运车辆的过程中，需要办理相关的注销、过户等手续，确保处置过程合法合规。同时，还需通知债权人、债务人等相关方，保障各方的知情权。
在处理非法营运车辆时，应与交通运输部门、车管所等相关部门保持良好沟通，确保处置过程符合相关法规要求，避免对环境造成污染或安全隐患。
综上所述，营运公司在处理非法营运行为时，应严格遵循相关法律法规，通过合法程序进行处置，以维护市场秩序和公共利益。