股权协议的处理涉及多个方面，包括协议的签订、履行、变更、解除以及无效后的处理等。以下是一些关键步骤和注意事项：
内部转让：由双方直接订立转让协议，并办理变更登记。如果公司章程有特别规定，则按照章程处理。
外部转让：需要发布转让通知、召开股东大会、订立转让协议、办理变更登记及修改公司章程等步骤。
股东同意：股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应书面通知其他股东征求意见，逾期未答复的视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。
优先购买权：两个以上股东主张行使优先购买权的，应协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
有效协议：双方达成的股权转让协议应遵循《中华人民共和国公司法》的相关规定，确保协议内容合法、有效。
无效协议：若股权转让协议被认定为无效，应根据《合同法》第58条处理，包括返还财产、折价补偿、赔偿损失等。
变更登记：办理股权变更登记是股权转让的重要环节，包括注销原股东的出资证明书、签发出资证明书、修改公司章程和股东名册等。
税务处理：转让方需缴纳个人所得税，受让人作为代扣代缴义务人，应履行代扣代缴义务。
协商处理：首先应尝试通过协商方式解决股权转让中的纠纷。
调解和诉讼：如果协商无果，可以申请调解或向人民法院提起诉讼。
建议
明确条款：在签订股权转让协议时，应明确约定各方的权利和义务，特别是关于股权转让价格、支付方式、税费承担、债权债务承担等关键条款。
法律咨询：在签订和履行股权转让协议过程中，建议咨询专业律师，确保协议内容合法合规，避免未来产生纠纷。
程序合规：严格按照《中华人民共和国公司法》和相关法律法规的规定，履行股权转让的各项程序，确保股权变动的合法性和有效性。
通过以上步骤和建议，可以有效处理股权协议的相关事宜，保障各方权益，减少潜在的法律风险。