员工投诉公司可以向以下部门投诉：

劳动行政部门：

根据《劳动合同法》第七十九条规定，劳动者有权向劳动行政部门投诉用人单位的违法行为，如超时加班、未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社保、违法收取财物等。劳动行政部门应当及时核实、处理，并对举报有功人员给予奖励。

劳动保障监察大队：

劳动者可以向当地的劳动保障监察大队投诉，投诉范围包括违反劳动保障法律、法规或者规章的行为。劳动保障监察大队负责受理并调查这些投诉，为举报人保密，并对查处重大违反劳动保障法律、法规或者规章的行为提供主要线索和证据的举报人给予奖励。

劳动争议仲裁委员会：

如果员工的合法权益受到侵害，可以在1年内向所在地劳动争议仲裁委员会申请劳动争议仲裁。如果对仲裁裁决不服，可以在收到仲裁裁决书之日起15日内向人民法院起诉。

人民法院：

劳动者对劳动争议仲裁委员会的裁决不服，可以向人民法院提起诉讼。人民法院对符合立案条件的案件予以受理。

建议员工根据具体投诉内容和实际情况选择合适的投诉渠道，以便更有效地维护自己的合法权益。