事实婚姻的离婚方式主要有两种：协议离婚和诉讼离婚。
双方应当亲自前往婚姻登记机关申请结婚登记，补办结婚证后再办理离婚登记。
如果双方不愿意补办结婚证，可以直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院应当进行调解，如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
当事人提起诉讼仅请求解除同居关系的，人民法院不予受理；已经受理的，裁定驳回起诉。但若涉及同居期间财产分割或子女抚养纠纷，人民法院应当受理。
建议
补办结婚证：如果双方能够协商一致，建议先补办结婚证，再办理协议离婚手续，这样程序更为简便。
收集证据：无论选择哪种方式离婚，都需要提供双方何时开始同居生活的相关证据，以便法院认定事实婚姻关系及财产分割等问题。
法律咨询：在离婚过程中，建议咨询专业律师，获取详细的法律建议，确保自身权益得到保障。