商业企业在运营过程中需要缴纳的主要税种包括：

增值税：

根据企业的销售额或服务收入征收，分为一般纳税人和小规模纳税人。

城市维护建设税：

根据企业缴纳的增值税或营业税额征收的附加税。

企业所得税：

根据企业的所得额征收，基本税率为25%，根据企业具体情况可能还有优惠税率。

房产税：

对房产的所有者征收的税。

城镇土地使用税：

对使用城镇土地的单位和个人征收的税。

车船税：

对拥有和使用车船的单位和个人征收的税。

印花税：

对某些法律文书、合同等征收的税。

教育费附加：

根据企业缴纳的增值税或营业税额征收的附加税。

个人所得税：

针对企业员工的工资、薪金所得征收的税。

其他税种：

可能包括资源税、土地增值税、车辆购置税、契税和耕地占用税等。

商业企业需要根据自身的经营状况和当地税收法规，按时缴纳相应的税款。