特种疾病报销涵盖的疾病种类较多，主要包括以下几类：
高血压病（1级高血压中高危和很高危、2级高血压、3级高血压）
糖尿病1型、2型
冠心病
精神分裂症、心境障碍（抑郁躁狂症）、偏执性精神障碍
肝硬化（失代偿期）
系统性红斑狼疮
脑血管意外后遗症（脑梗死、脑出血、蛛网膜下腔出血后遗症）
结核病
风湿性心瓣膜病
类风湿性关节炎
慢性支气管炎伴阻塞性肺气肿
甲亢
血友病
再生障碍性贫血
恶性肿瘤的放疗（化）疗和晚期的镇痛治疗
肾功能衰竭的门诊透析治疗
肾脏、肝脏、造血干细胞移植术后的抗排异治疗
严重多器官衰竭（心、肝、肺、脑、肾）
艾滋病机会性感染
唇腭裂
地中海贫血（中、重型）
儿童先天性心脏病
儿童白血病