更换发动机需要办理的手续主要包括：
车主的身份证原件及复印件。
机动车登记证书。
机动车行驶证。
更换发动机的证明文件，如4S店提供的免费更换证明。
发动机号拓印件。
机动车安全技术检验合格证明。
若委托他人办理，需提供代理人的身份证明原件及复印件和委托书。
填写《机动车变更登记申请表》。
进行车辆的外观检查和拍照。
提交上述材料进行审核。
根据车管所的安排进行车辆上线检验。
获取检验合格证明。
核对信息无误后，领取新的机动车行驶证和登记证书。
如有变更，确保行驶证和登记证书上的信息准确无误。
确保新发动机的型号和编号符合规定，不允许改变发动机品牌或型号。
必须在规定的时间内（通常是更换后10天内）完成变更登记手续。
变更后应及时查看并核对机动车登记证书和行驶证上的车辆信息。
请根据当地车管所的具体要求和流程进行操作，因为不同地区可能存在细微差别。