被不起诉人申诉的原因可能包括以下几点：

对不起诉决定存在异议

被不起诉人或其他相关方可能认为检察院作出的不起诉决定存在事实认定错误、法律适用不当等问题，因此希望通过向上一级检察院申诉来寻求更为公正的处理结果。

寻求法律监督

上一级检察院作为下级检察院的上级监督机关，具有对下级检察院作出的决定进行法律监督的职责。向上一级检察院申诉，可以促使上级检察院对下级检察院的不起诉决定进行审查和监督，确保法律的正确实施。

认为自身无辜

被不起诉人可能认为自己根本没有犯罪，不存在什么犯罪情节轻微的问题，因此希望检察院撤销案件或者要求检察院起诉，在法院审理时查明真相，最终被宣告无罪。

保护自身合法权益

法律既保护被害人的合法权益和诉讼权利，同时也保护犯罪嫌疑人的合法权益和诉讼权利。法律规定了犯罪嫌疑人对人民检察院依法对其作出的不起诉的决定不服的，可以向人民检察院提出申诉。

对酌定不起诉不服

如果不起诉是基于酌定不起诉，即检察官根据起诉便宜主义对自己拥有的诉权的舍弃而决定不起诉，犯罪嫌疑人不服的可以提起申诉。

综上所述，被不起诉人申诉的原因主要是对不起诉决定存在异议、寻求法律监督、认为自身无辜、保护自身合法权益以及对酌定不起诉不服等。