小产权房存在以下主要弊端：
小产权房没有国家颁发的土地使用证和预售许可证，购房人不能取得真正的房产证。
双方签署的购房合同不属于法律认可的正式购房合同，无法在房管局备案。
由于小产权房无法进行不动产登记，买方很难确认卖方是否将房屋再次出售。
小产权房大多存在严重的安全隐患，建设标准不达标的情况屡屡发生。
小产权房无法进行抵押登记，银行无法设立抵押权，购房人需一次性付清房款，后期也无法用房产抵押贷款。
小产权房不能办理变更登记，房屋物权仍属于卖方，使得购房人难以转让。
小产权房没有国家认可的正式产权，只有使用权，没有所有权，且在遇到拆迁或继承时，法院可能不予处理。
小产权房存在法律上的不确定性，购买此类房屋可能面临合同无效、拆迁补偿受限等风险。
小产权房的开发建设没有明确的规定和监管，导致房屋质量和售后保修难以保证。
综上所述，小产权房在产权、质量、法律风险等方面存在诸多问题，购房者在购买时应充分考虑这些不利因素，并谨慎做出决策。