房屋抵押后， 房产证仍会放在房主的手中，并不需要放在银行。在办理房屋抵押贷款时，借款人需要携带身份证、与银行签订的借款合同、房屋所有权证等材料，并填写抵押登记申请表到房屋所在区县的房产局进行抵押权登记手续。如果房产属借款人与配偶共有的财产，则需要有共有人的书面同意书或本人到场一同办理房屋抵押权登记手续。

在办理抵押登记后，房管局会出具抵押权证，这时，房产抵押贷款才算真正的完成，房子的产权也将属于抵押机构。贷款还清后，抵押人可以从抵押权人（一般是银行）那里取回房产他项权证，房主应去房产交易中心办理注销抵押手续，房产他项权证被收回，同时在房产本上注明抵押已解除。

因此，房屋抵押证（他项权证）在贷款期间由银行保管，贷款还清后，抵押人可以从银行取回，并办理注销抵押手续，取回房产证。