如果燕窝被扣，可以采取以下措施处理：
首先，需要了解燕窝入境的相关法律法规。根据中国海关的规定，燕窝属于限制入境物品，尤其是未经处理的燕窝，一般不允许携带入境。只有经过检疫合格的罐装燕窝才可以携带入境。
如果你携带的燕窝被海关扣下，应配合海关部门进行检查。携带相关文件，如购买凭证、健康证明等，以便向海关说明情况。
托运：如果燕窝数量不大，可以办理托运手续，将燕窝放在托运行李中。注意，燕窝只能托运，不能手提。
放弃并领取灰烬：如果燕窝被没收，一般会在机场原地销毁。你可以向海关申请领取燕窝的灰烬。
亲属携带：如果没有亲属可以帮忙携带，或者携带量较大，可以考虑让亲属下次再来时带回去。存放时间不能太长，以免影响燕窝的品质。
为了避免类似情况再次发生，建议详细了解并遵守相关法律法规，不要尝试逃避海关监管或进行非法携带。携带燕窝时，确保其包装完好，符合海关要求。
如果对处理流程不熟悉，可以咨询专业的海关咨询机构或律师，以获得更具体的指导和帮助。
总之，处理燕窝被扣的情况时，应保持冷静，了解相关法律法规，积极配合海关检查，并采取合适的措施以减少损失。